Para mi, la dificultad más grande de un autodidacta sin experiencia está en demostrar que está a igual o más nivel que otro candidato que viene con la base de facultad o similar. El de facultad puede ser un gil, pero si tiene aprobadas un par de materias los tipos se aseguran que al menos no está en cero, algo que no pueden hacer con el autodidacta.
Ojo, depende la empresa, pero si te contratan diciendo solo "yo se Java", sospecha de las personas y del tipo de cosas que vas a ver adentro. Como dije muchas veces, lo ideal para mi siempre es tener algún proyectito para mostrar (así sea choto), y si lo tenés en github suma mucho más.
Y ta, después siempre es probable que te pongan una prueba técnica, para alguien sin experiencia seguramente no te maten peeero tenés que asegurarte de conocer las cosas básicas del lenguaje que elijas, y para eso no te queda otra que leer mucho y codear.