Nunca edite videos con HDR pero como dice Thalios, el codec influye mucho en el resultado, no solo es la extencion del archivo (que solamente es un contenedor) si no que el codec sea el mismo del iPhone, los bits, el chroma subsampling, etc, etc.

Imagino que DaVinci, Adobe Premiere y cualquier editor pro debe tener algun preset o configuracion para exportar manteniendo el HDR.

Si solamente queres unir varios videos que tengan exactamente las mismas propiedades quizas podrias usar alguna herramienta para unir sin volver a codificar los videos, FFMPEG puede hacerlo (se usa en linea de comandos) pero habria que investigar si puede unir ese tipo de formato.